Rusa Jawa asli terdapat di pulau Jawa, Bali, dan Timor di Indonesia. Ia telah diperkenalkan ke Irian Jaya, Borneo, Kepulauan Sunda Kecil, Maluku, Sulawesi, Pohnpei, Mauritius, Reunion, Fiji, Tonga, Samoa, Vanuatu, Kepulauan Solomon, Kepulauan Krismas, Kepulauan Cocos, Nauru, Australia, Baru Caledonia, New Zealand, Papua New Guinea, New Britain, dan New Ireland.[1][5] Rusa Jawa telah diperkenalkan oleh Belanda ke New Guinea pada awal 1900-an.[6]

Sejak pengenalannya ke dataran rendah Papua Barat, spesies ini telah tersebar secara meluas dan lazim dalam kebanyakan julat baharunya. Bagaimanapun populasinya dalam julat aslinya telah menurun sebanyak kira-kira 10,000 ekor dalam dua dekad yang lalu, dan berkemungkinan menghadapi penurunan lanjut. Akibatnya ia telah disenaraikan sebagai terjejas dalam julat aslinya, dan telah diisytiharkan sebagai spesies yang dilindungi di bawah undang-undang Indonesia pada 2018.[7]

Pada tahun 1980-an dan 1990-an, kawasan perlindungan seperti taman negara digunakan untuk mengawal pemburuan haram dan kesan penukaran tanah yang memusnahkan kawasan ragut. Walau bagaimanapun, sejumlah besar rusa Jawa mati di Taman Negara Baluran di Indonesia akibat kehilangan kawasan ragut akibat akasia berduri invasif.[8]